A bandát Daniel Cavanagh (becenevén Danny) alapította 1990 nyarán, Liverpoolban. Ő vetette fel először egy szobában üldögélve a zenekar alapításának ötletét, ez volt mindennek a kezdete... A csapat Pagan Angel (~Pogány angyal) néven kezdte a zenélést a következő felállásban: Darren White - ének, Daniel Cavanagh - gitár, Vincent Cavanagh - gitár, Jamie Cavanagh - basszusgitár, John Douglas - dobok.
1990. novemberében barátaik bíztatására és saját maguk kedvéért felvették első demójukat a picinyke, helyi MA Stúdióban, "An Illiad of Woes" címmel. A banda nevét rövidesen megváltoztatták, a sokkal gótikusabban csengő Anathema-ra, amely egyházi kiátkozást, kárhozatot jelent. Egyre nagyobb hírnevet, és rajongótábort szereztek maguknak, köszönhetően annak, hogy olyan zenekarokkal léphettek fel együtt, mint a Bolt Thrower vagy a Paradise Lost. A koncertezés mellett nagy hangsúlyt fektettek arra, hogy az időközben megszületett új számokat második demó-lemezükként rögzítsék, "All Faith Is Lost" (~Minden bizalom elveszett) címmel (1991). Szintén az MA Stúdióban vették fel az anyagot, ahol Duncan és Vincent is dolgozott. A megjelent négyszámos demójukat illetően hízelgő kritikákat és értékeléseket kaptak az újságokban, magazinokban, amelynek köszönhetően felfigyelt rájuk egy svájci kiadó, a Witchhunt Records, amely kiadott egy kétszámos EP-t, "They Die" néven, tartalmazva a korábbról már ismert They Die és Crestfallen számokat. Mivel csak kb. 1000 darab lemezt gyártottak, nagyon hamar elfogyott. Időközben Jamie kilépett a bandából, úgy döntött, hogy inkább a tanulásra fordítja idejét. Helyette, Duncan Patterson csatlakozott hozzájuk, akit a zeneboltban ismertek meg, ahol Danny dolgozott: "Duncan csak egy erősítőt és egy basszusgitárt szeretett volna vásárolni, de felajánlották neki a a basszusgitárosi szerepet. Elment az első próbára és ott is ragadt."  A növekvő népszerűségüknek köszönhetően felfigyelt rájuk egy nagyobb kiadó, a Peaceville Records. Hammy, aki egyik koncertjüket látta, felajánlott nekik egy lemez-szerződést. Egy feltétele volt csak: Hammy egy saját számot akart kiadni a Peaceville gondozásában, és megvárni a közönség reakcióit. Az új szám címe "Lovelorn Rhapsody", amelyet az Academy Studóban rögzítettek (Hammy saját maga vezette a felvételeket). Ez az új szám bekerült ezután a Peaceville összeállításába, és  "Volume 4" néven adták ki 1992. októberében. "Minden nagyszerűen ment", és az Anathema négy további albumra szóló lemezszerződést kapott.

1992 nyarán a banda az Academy Stúdióba vonult, hogy felvegyék új számaikat első debütáló albumukra. Az anyagot két részben adták ki: elsőként 1992. novemberében egy EP jelent meg "The Crestfallen" (~Csüggedés) címen, majd a további számok "Serenades" (~Szerenádok) néven, egy későbbi albumra kerültek. A zenekar egy angliai turnéba kezdett a Cannibal Corpse oldalán. 1993. februárjában kiadták a Serenades albumot is, amely nagyszerű fogadtatásban részesült. A Kerrang metál zenei listán a 2. helyre ugrottak fel vele, és a Metál Hammer a hónap albumává választotta. Az MTV listáján is hasonló sikereket értek el (köszönhetően a "Sweet Tears" számhoz elkészült video-klippnek). 1993.tavaszától kezdődően rengetek koncerten játszottak Angliában. Később lehetőséget kaptak arra, hogy külföldön is felléphessenek: Hollandiában kétszer, illetve Belgiumban egyszer jártak. 1993. őszén ismét Hollandiában, majd Írországban koncerteztek. 1994. januárjában Németországba látogattak, ahol a Cradle Of Filth és az At The Gates előzenekaraként szerepelhettek. A COF különösen jó ismeretséget adott számukra, mivel hatalmas tömegeket vonzottak, és hihetetlen atmoszférát teremtettek a koncertjeiken. Kisebb zenekarokkal, Pyogenesis és God Forsalun (fiatal finn csapat) léptek fel Németországban, Ausztriában és Svájcban. Romániában, majd Braziliában (3 koncerten) szerepeltek, köztük a híres Independent Rock fesztiválon is. Mindeközben, 1994. májusában "Pentecost III" (~III. Pünkösd) néven egy újabb EP-jüket vették fel az Academy Stúdióban. Majd kiadtak egy 2 számos kis-lemezt "We Are The Bible" (~Mi vagyunk a Biblia) címmel, bíborvörös színű tokban, kizárólag gyűjtőknek.
Sajnos a Peaceville kiadónál problémák merültek fel és átkerültek a Music For Nations kiadó gondozásába. Ráadásul még a Pentecost III. megjelenése előtt, 1995.ben, kilépett a bandából Darren, a zenét érintő nézetkülönbségek miatt: a csapat tagjai úgy látták, hogy Daren hangja már nem volt megfelelő az új zenei világukhoz. Darren röviddel ezután egy saját bandát alapított "The Blood Divine" néven.

Mivel a második teljes albumuk címe (Rise Pantheon Dreams) Darren ötletéből fakadt, a banda úgy határozott hogy megváltoztatja azt, ill. hasonló okokból a dalszövegeket szintén átalakították. Vincent - egyike a Cavanagh fivéreknek - magára vállalta az éneklést, továbbá az összes dalszöveget a csapat és a csapathoz tartozó barátaik, Deryk Fullwood és Vincent O'Connel segítségével írták meg. A második nagylemez, a "The Silent Enigma" (~A hangtalan rejtély / Csendes talány) 1995. májusában készült el - már az új négy-tagú felállásban. A felvételeket a Lynx Stúdióban készítették el, Newcastle-ben (kivéve az "Alone" című dalt, amelyet még a helyi MA Stúdióban rögzítettek, a női vokalista, Rebecca Wilson kedvéért). Abaddon, a Venom dobosa lett az Anathema menedzsere, aki végigkísérte bandát a friss albummal: a lemez bemutató koncertjét őszre időzítették, amikor egy többállomásos angliai turnénak vágtak neki a Cathedral zenekarral. A The Silent Enigma album csak 1995. október 23.-án került a boltok polcaira, bár a csapat már augusztusban ki szerette volna adatni, a lemeztársaságnak az volt a kívánalma, hogy hosszabb szünet legyen a két nagylemez között. Az albumnak hatalmas sikere lett. A kiadása után, egy angliai turnéra indultak a Paradise Lost társaságában, majd Európába mentek, ahol többek között a híres hollandiai Dynamo fesztiválon is felléptek. A hazatérésük után azonnal egy új anyag összeállításán munkálkodtak. Mindeközben Abaddon-nal a menedzserükkel felbontották a szerződést, mivel megrövidítette őket. De az újonnan érkezett menedzsment már nagyszerűen működött.

Az "Eternity" (~Örökkévalóság) című új album 1996.novemberében jött ki, amelynek felvételei nem ment könnyedén. Ekkortájban Tony Platt vezette a munkálatokat a walesi Windings Studióban, akit a Music For Nations lemeztársaság ajánlott az Anathema-nak. Az album első számait azonban még a régi Academy Stúdióban rögzítették, de mivel a My Dying Bride zenészei is ugyanakkor szerettek volna dolgozni saját albumukon, ezért az Anathema átköltözött egy Sheffield-i stúdióba. Ott pedig a hangmérnök nem tudta számukra megfelelően beállítani a dobok hangszínét, ezért jobbnak látták, hogy a walesi studióban, Tony Plattel dolgozzanak együtt, aki tudta pontosan, hogy mit szeretnének kihozni az anyagból. A felvételek csak 3 hetet vettek igénybe (beleszámítva a 2 hetes keverési munkálatokat is). Michelle Richfeld, a Dominion / Sear- ből, és Roy "Hope" Harper közreműködtek vendégénekesként az albumon, míg Les Smith játszotta fel szintitémákat ill. az első "Sentient" című szám előkészítéséért felelt. A banda különösen Harper szereplésével volt nagyon elégedett. 1997. májusában kiadták az Anathema első hivatalos akkor még csak videokazetta - később DVD formájában is megjelenő, "A Vison Of A Dying Embrace" címmel (~ Egy haldokló ölelésének látomása), amely a már elkészült 4 videoklippet tartalmazott, valamint a '96 márciusi krakkói koncertet, amin a My Dying Bride vendégzenekaraként léptek fel). 1997. júniusában a dobos, John Douglas kilépett a csapatból: nem tudott megbirkózni, és leszokni a kábítószer élvezetéről. Ezután az Anathema-t felkérték arra, hogy a Peaciville kiadó 10. jubileumi válogatás albumára írjanak pár számot, amely "Peaceville X". néven látott napvilágot. Mivel nem volt dobosuk, amellett döntöttek, hogy főként olyan számokat készítsenek, amelyben a dobok nélkülözhetők. Így adaptáltak  olyan fantasztikus számokat mint a "On Of The Few" és a "Goodbye Cruel World" (mindkettő Pink Floyd feldolgozás), vagy a "Better Off Dead" (Bad Religion feldolgozás), amelyen Michelle Richfeld is énekelt. Végül '97 szeptemberében megtalálták a dobos posztra John utódját, Shaun Steels (ex Solstice zkr.) személyében. A következő teljes album, az "Alternative 4" felvételei 1998. januárjában-februárjában zajlottak. A munkálatok szintén az előző walesi stúdióban folytak, Kit Woolven vezetésével. Az új anyagot 1998 derekán adták ki. Mivel lejárt a négy albumra szóló lemezszerződésük a Peaceville-vel, ezért egy új kiadóhoz, a Music For Nations-hoz írtak alá.

A Danny és Duncan között fokozódó nézeteltérések miatt, 1998 szeptemberében Duncan Patterson elhagyta a bandát. Kilépése után azonnal egy zenekart alapított Antimatter néven. Duncan kiválása hatalmas veszteség volt az Anathema-nak, mivel szinte a kezdetek óta fontos szerepet töltött be: ezzel a csapat életében egy korszak végleg lezárult. Dave Pybus a Dreambreed-ből (amelynek Duncan is tagja volt '96-98-ig) lépett elő basszusgitárossá, továbbá Martin Powell, korábban My Dying Bride tag, ideiglenesen, főként koncerteken billentyűsként segítette ki a bandát. 1998. novemberében, John Douglas, a korábbi dobos ismét visszatért a zenekarhoz, míg az őt helyettesítő Shaun Steels átment a MDB-hoz.

A "Judgement" (~Ítélet) című új anyagot 1999.február-márciusa között rögzítették a ventimigliai Damage Inc. Stúdióban, Olaszországban. Szintén a korábbi albumnál közreműködő Kit Woolven irányította a munkálatokat. Az album 1999. június. 21.én került a boltok polcaira (bár Amerikában csak 2001. január.23.án jelent meg). 2000.februárjától a Judgement-et bemutató hatalmas koncertkörútra mentek Lengyelországba, ill. szerepeltek ismét a Dynamo fesztiválon. 2000.májusában, Les Smith, aki már az Eternity album idején is kisegítette őket billentyűsként átvette Martin Powell-től a posztot, ideiglenes tagként, koncerteken. Júliusban, fennállásuk során első alkalommal szerepeltek Amerikában, a Milwaukee-i Metál Fesztiválon. Hazatérésük után ismét nekiláttak a következő új anyag elkészítésének, Les pedig állandó taggá avanzsált. Az új album, "A Fine Day To Exit" (~Egy csodálatos nap a távozáshoz) kezdeti munkálatai 2000.augusztusában kezdődtek, a liverpool-i Crash Stúdióban, Nick Griffits producer vezetésével. Majd a srácok a walesi The Windings végül pedig a lincolshire-i Chapel Stúdióban folytatták a felvételeket. Miután a lemez 2001. júniusában elkészült, Dave Pybus basszer úgy határozott, hogy kilép a bandából. döntésének oka, hogy nem volt azonos hullámhosszon a zenekar többi tagjával, a zenei irányzatot illetően. Augusztusban 3 fesztiválon léptek fel. George Roberts, a csapat jóbarátja segítette ki őket (Dancen-től kölcsönkért basszusgitáron játszott!). "A Fine Day To Exit" végül 2001. októberében jelent meg, amelynek bemutatására egy több állomásos turnéra indultak: jártak Hollandiában és Portugáliában. Majd novemberben és decemberben pedig egy 23 állomásos Európai koncertkörútra mentek, végül 2002. januárjában Görögországban léptek fel. Ekkor jelent, illetve csak jelent volna meg egy maxi lemezük "Pressure" (~Feszültség) néven, hozzá elkészítettek egy video-klippet,  azonban a kiadójuk a vártnál kedvezőtlenebb fogadtatás miatt nem adott ki.

Váratlanul, 2002. februárjában Danny kilépett az Anathema-ból. Szerencsére azonban jobb belátásra tért, és úgy határozott, hogy ismét visszatér. De nem csak ő, hanem Jamie Cavanagh - a bandában 11 évvel korábban szereplő első basszusgitáros - is csatlakozott. Ezek után a srácok teljes erővel belevetették magukat egy új album dalainak összeállításába, melynek "A Natural Disaster" (~ Egy természeti katasztrófa) címet adták.